Laboratorij za gozdno genetiko
| Oddelek za gozdno fiziologijo in genetiko |
| Vodja oddelka: prof. dr. Hojka Kraigher |
| Vodja laboratorijev: Barbara Štupar |
| Odgovorna oseba: Marko Bajc |
| Tel.: +386 1 200 78 00, Fax.: +386 1 257 35 89 |
Javna pooblastila
- za vodenje postopkov odobritve in vodenje registra gozdnih semenskih objektov
- za certifikacijo gozdnega reprodukcijskega materiala
- za vodenje Slovenske gozdne genske banke
Organizacija laboratorija:
- LGG1: osrednji genetski laboratorij, kjer se izvaja priprava vzorcev, ekstrakcija DNK, PCR in večina pripravljalnih postopkov
- LGG2: DGGE/TGGE elektroforeza, barvanje gelov za ločbo nukleinskih kislin z EtBR in barvili SYBR, slikanje in manipulacija barvanih gelov na UV transiluminatorju
- LGG3: agarozna gelska elektroforeza, RT-PCR, ABI Prism 310, računalniška obdelava in analize podatkov
Raziskovalna oprema
- zaščitne laminarne komore
- PCR termostati ABI GeneAmp 9700
- kapilarni sistem za genetske analize ABI Prism 310 Genetic Analyzer
- sistem za PCR v realnem času ABI 7500 Real Time PCR System
- sistemi za agarozno gelsko elektroforezo Bio-Rad
- hlajen sistem za vertikalno gelsko elektroforezo
- DGGE/TGGE elektroforezni sistem za zaznavanje točkovnih mutacij Bio-Rad DCode
- UV/Vis transiluminacijski sistem za zajem slike Bio-Rad GelDoc
- homogenizator za fizično drobljenje vzorcev – tudi lesa in kosti Retsch MM301
- programska oprema za analizo genetskih podatkov: Sequencher, MEGA5, PAUP, Mr.Bayes, Bionumerics, Arleqiun, DnaSP, PhyML, BAPS, GeoDis, ANeCA, Barrier, LAMARC, Network, idr.
Ekstrakcija DNK v laboratoriju za gozdno genetiko.
Računalniška obdelava nukleotidnih zaporedji s programsko opremo za genetske analize.
Raziskovalna področja
- identifikacija izvora gozdnega reprodukcijskega materiala
- genetsko varstvo gozdov in ohranitvena genetika
- gozdne genske banke
- molekularna identifikacija gozdnih organizmov
- analiza biotske raznovrstnosti
- filogenija in filogeografija
- populacijska genetika
Analize
- ekstrakcija DNK/RNK iz vseh tipov bioloških vzorcev
- PCR pomnoževanje podpisnih genskih markerjev: ITS regije rDNK, odseki CR in COI mtDNK, SSU rDNK, mikrosatelitni markerji, …
- ugotavljanje in analiza nukleotidnega zaporedja tarčnih genskih markerjev
- fragmentna analiza mikrosatelitnih markerjev – analize populacijske genetike in sledenja sorodstva
- DGGE analiza strukture in raznovrstnosti bioloških združb ter sledenje sprememb združb zaradi okoljskih dejavnikov
- specializirani v molekularni identifikaciji in analizi strukture združb mikoriznih, rizosfernih in drugih gliv
- filogenetske analize: ML, MP, NJ, ME in mrežne filogenetske analize MJ
- analize demografske zgodovine populacij
- filogeografske analize: Mantel, Nested Clade, SAMOVA, idr.
Sodelovanje in članstva
- EUFORGEN – European Forest Genetic Resources Programme
- EUFGIS –European Information System on Forest Genetic Resources
- ConGRESS – Conservation Genetic Resources for Effective Species Survival
- ECCF – European Council for Conservation of Fungi
- SIFORGEN – Slovenian Forest Genetic Resources Programme
- COST – European Cooperation in Science and Technology: Action ES1101 – Harmonizing Global Biodiversity Modelling
Ločevanje PCR pomnožkov z agarozno gelsko elektroforezo.